深さHの穴に落ちていった
と見ると、感覚的になんとなくわかると思います。

原点(投げた場所)を基準として、鉛直上投げの運動で、上方向を正(プラス)としてるので、原点よりも下にある地面の高さはマイナスとなります

原点より下にあるからです。

原点より上にあるときは＋の値
原点より下にあるときは－の値 になります。