古文の敬語と、現代文の敬語で少し性質がことなります。(特に謙譲語)

まず、「九重の都を出でて・・・御心ざしのかたじけなさ」は、公顕僧正が言っています。

古文の謙譲語は、(現代と違って)主語ではなく、目的語にかかります。
そのため、謙譲語「参る」は、どこに参ったのかというと、「厳島神社」に参ったので、「厳島の大明神」への敬意を示していることになります。

次に、尊敬語は主語にかかるので(補助)尊敬語の「給ふ」は、誰がお参りなさったのかというと、「高倉上皇」なので、「高倉上皇」への敬意を示していることになります。