僕なら
If you eat too much, you will have a stomachache.と書きます。
お腹が痛くなるのは未来のことなので。(｢食べすぎると｣を無くして考えるといいかも)
また腹痛ですが、stomach acheよりstomachacheの方が一般的だと思います。
ifは条件を表す副詞節なので、未来を表すwillを使いません。