名詞には数えられるもの、数えられないものがあります。

数えられるものはdesk, apple、、
などザックリ言うと形があるものです。

数えられないものは、ザックリいうと形がないもの、形が様々変わるものです。

そして、waterは数えられない名詞です。
なぜなら、水は水の形、が無いですよね。水溜りの形になったり、コップの中に入れたらコップの形に変化します。

コレ！という形がないので数えられません。

だから、水を数えたい時は数えられるcup （コップ）やglass（グラス）に入っている状態で伝えます。使用頻度はcup よりもglassを使う場合が多いです。