関係代名詞以下には主語or(動詞や前置詞の)目的語が抜けた文が来ます。そして抜けているのが前置詞の目的語の場合、
先行詞 which S V 前置詞
=先行詞 前置詞 which S V
と書き換えることができます。

簡単な例としては
This is the park which we played tennis in.
=This is the park in which we played tennis.
みたいなやつです。

今回は
the way which birds differ from men in their behavior in
のようにwhich以下に前置詞inの目的語wayが抜けた文を考えています。ここから前置詞inを移動させて、
the way in which birds differ from men in their behavior
になります。