つまり、undoingの意味上の目的語（という言い方が適切かわかりませんが）がitsで書かれている、ということですよね？
その解釈でいいと思います。

以下余計な話

動名詞の前の所有格は、動名詞の意味上の主語を表すことはよくありますが、
今回のように意味上の目的語を表すというのは、頻度で言えばあまり多くないと思います。

今回の場合
its undoing ではなくundoing it じゃダメなの？という疑問も残るかと思うのですが

例えば build the bridge 橋を建設する　という表現を動名詞で表すと
① building the bridge 橋を建設すること
② the building of the bridge 橋の建設
という2通りの書き方ができるんです。
①はごくごく普通の動名詞で、直後に目的語が置かれたり冠詞が付かない点とかが「動詞の語順」に従っていますよね。
②はよく「名詞構文」と言われる形になるのですが
①よりも「より名詞的な語の並び」になっています。
動詞に由来する要素はもちろん-ingという語形だったり単語の意味だったりから汲み取れるけども、
冠詞がついたり意味上の目的語を表すのにofをつけていたりする点は、動詞ではなく名詞と同じで
だから
the destruction of the bridge と言うのと同様に
the building of the bridge と言っている
というような感じです。
①②の違いは、ニュアンスの違いに直結しています。
あえて日本語で訳し分けたのもそのような点をふまえてのものです。②の方がより名詞的なニュアンスを持ちます。

で、質問のits undoingに話を戻すと

①の型で書こうとするとundoing itになりますね
②の型で書く場合、undoing of it となるわけですけど
これは不自然というか、できるだけ避けたい語順なのです。
代名詞は既に出てきているものを受けているだけだから、情報の内容が薄いって言ったらいいですかね。英語では新しい情報を後ろに持っていきたくて、内容の薄い語は前に置く傾向が強いんです。①のように文法の仕組み上避けられない場合もあるのですけどね。
だから
undoing of it ではなくてits undoingという語順を選択しているのだと思います。