take ～ in small doses で「～を少量服用する」という意味です。
in small doses は in small amounts と同じ意味です。
今回は「薬」なのでamountの代わりにdoseが使われているだけです。
take ～ inで「～を中に入れる」の意で、このinは副詞です。副詞のinの後にsmall amountsといった語句は続きません。
in small amountsのinは前置詞なのでtake ～ in small amountsは「少量で～を取る」という意味になります。
take ～ in small amounts だったら、〜を少量取り入れる という意味になりますか？