結論としては、どちらでもいいです
x+65 = 42k、y-45 = -29kでもいいし、
x+65 = -42k、y-45 = 29kでもいいです
答えの形は異なりますが、同じものを表現できています

「差を5にしたいから」
「大きい数をプラスにしないといけないから」
が、わかるようでわからないのですが、
29xと42yはどちらが大きいかはわかりませんし、
どちらが正か、負かもわかりません
x,yが正とは限らないから、ですね

x+65もy-45も、正の可能性も負の可能性もあります
だから、x+65を+42kとおこうが-42kとおこうが構いません