「助動詞ぬは未然形と連用形もある」と言うのは接続の話でしょうか？　打ち消しか、完了かの見分ける方法と言うことで話します。
来は　こ　き　く　くる　くれ　こよ　と、活用します。この場合は来は「き」(連用形)ですので、完了になります。
来が未然形ですと、打ち消しの意味になります。
助動詞のすぐ上の動詞の活用が何か意識すると、意味を考えやすいと思います。