昨日は折り返し電話ができなくてごめんなさい。
I’m sorry I couldn’t return your call yesterday.

姉は夜が怖くて、1人でトイレに行けません。
My Sister Is afraid of the night and can’t go to the toilet alone.

動名詞を勉強されているということですので、動名詞を使うと

I'm sorry for not having returned your call yesterday.

My sister is afraid of going to the toilet alone at night.

などいかがでしょうか？　
参考にしてみて下さい。

ミスや不明な点がありましたら気軽に教えて下さい^o^