いやwas only the〜という語順もあるのですよ。
ただ、それはonlyの使い方がそれぞれで全く違うのです。

S was the only thing というときは
onlyはthingsを修飾している語順だというのはわかりますよね。the と thingの間にあるということからピンときて欲しい。
つまりこのonlyは形容詞で、「唯一の」という意味です。
設問の訳も「ただ一つ（の）〜こと」となってます。

S was only the thing というときはそうじゃなくて、
S was the thing というS[VC]の文の
[ ]の部分を修飾しているのです。
ですから、このonlyは副詞です。

「Sは、そのことである」という文に
副詞のonlyは「〜しかない」という意味を加えます
だから
S was only the thingは
「Sは、そのことでしかない」という意味になります。

語順によってonlyの使い方が違う。
onlyの意味は使い方によって違う
だから語順が違うとonlyの意味が変わってしまって
文全体の意味も変わってしまうのです。

Sは〜する唯一のことである
Sはただ一つ〜することである

というのと

Sは〜することでしかない

というのは

S=〜すること　という文の骨格は変わりませんが
それに付随する内容や、
そのことに対する評価とか態度が全然違う
というのが伝わるといいのですがどうでしょうか…