この由は
ここに社を作りていはい給へ
だと思います。
桃太郎の弟だと言う翁はここに社を作って自分を祀って欲しいのです。その旨を院へ言おうとしてます。

Cが憎きでDがおびただしく
省略されてる名詞は翁
この由は「われはこれ、昔住みし主なり」だと思います。間違っていたらすみません。