間違いの箇所は全て進行形→現在形に直すことになります。
進行形は大まかに2つの意味があって、
①(今現在)〜している最中だ (←状態動詞は不可)
②(今)まさに〜しかけている

現在形の意味はもうコレに尽きます
(昔も今も未来も)〜だ
これは実際に間違いの選択肢を見て確認していきたいと思います。

(1) Mary は水色の目をしている
これは今現在だけの話なのでしょうか？違うでしょう？
Maryは生まれたときから今も、そして死ぬまで水色の目をしているに違いありません。よって現在形が正しい。

(3)彼女の名前を知っているのは今現在だけでしょうか？
これも、あり得ない。この会話よりも前から彼女の名前を知っていて、当然この会話が終わってからも、彼女の名前を知っていることでしょう。よって、これも現在形になります。

(4)Kenがサッカーを好きなのは今現在だけなのでしょうか？“常識的に考えて”、Kenはある程度前からサッカーが好きで、今も未来もサッカーが好きなのでしょう。
よって現在形。
ただ、ここで ”常識的に考えて“ と言ったのは似たような単語で例外があるからなんですよね。そちらも紹介します。
マクドナルドのCMで I’m loving it と言っているのを聞いたことはないでしょうか？
Loveは状態動詞ですので原則進行形にはできないはずですが、ここでは現在進行形として使われています。
これは、「今まさにマクドナルド(を食べたい)の気分だ！」
というニュアンスになります。
こちらはテストではほとんど聞かれない使われ方になりますのでスルーでいいですが、もしかすると東大とかこういう嫌らしいの訳せとか言ってくるかもしれないので、
一応ご紹介いたしました。

最後に、分かりやすい進行形と現在形の使い分け方の例を載せておきます。([ ] 内が重要)

He wears glasses.
彼は [普段] メガネをかけている。

He is wearing glasses.
彼は [いつもはメガネをかけていないが今日は] メガネをかけている。