海抜０メートルで気圧は必ず1013hPaになるとは限りません。
空気が密な部分もあれば疎な部分もあります。
1013hPaというのはあくまで1気圧という単位の基準にすぎません。

確かに山の上で観測した気圧をそのまま等圧線として落とし込めば、低気圧のように中央の気圧が周りより低く、閉じた等圧線が描けるかと思いますが、、

実際は標高差による気圧の変化の影響をなくすために、各地点の気圧を海抜０メートル換算しているかと思います。

質問者様の仰っているように標高によって気圧は変化しますが、それだけではありません。
標高が同じ場所でも気圧はまちまちです。