その先生は、たぶんその課題を出さないと、5はくれません。先生を見て、抗議しないと損しますよ。
　内申の評価基準がどのようになっているかは分かりませんが、例年通りなら
①関心・意欲・態度②知識・理解③技能④思考・判断・表現。
変化したのなら、
①知識・技能②思考・判断・表現③主体的に学習に取り組む態度
だと思います。
　なので、評価を下げられたものが不当なものであるということを証明できればいいのです。
　友達に頼んでやってもらうようにする方法もあるし、テストで高得点（500点満点に近い点数）を取って、「課題を出さなくても点数は取れるので、この宿題には意味があったんですか？」と言い、その先生を黙らす方法もあります。どちらにせよ、先生には嫌われます。

ヤンチャなことしますねw
その課題がどれくらいの割合を占めるのかは先生に聞かないとわかんないことですけど、これだけで5じゃなくなることはないと思います。でも、他の原因も合わさって4になる可能性は十分ありうると思います。それで、先生に抗議しても「お前があのときGWの課題やらんかったからやん」と言われるだけだと思います。
やりたくないこともやらないといけないケースってままあると思いますし、それでいちいち抗議するのも個人的には違うと思います。先生も、反抗されて「なんやこいつ」ってなったから「勝手にしろ」という趣旨のことを言ったんだと思いますよ。結局のところ、色々天秤にかけてやるかやらないかはあなた次第だと思いますし、それでどうなろうと自分の判断に責任を持たないといけないのもあなた次第なので、何も言えないと思います。僕なんかは、自分の好きなようにできる自主勉の方が好きですけどね。