その通りです。イオン化とは電子のやり取りで起きるので、原子核の内部の陽子数とは何の関係もありません。
原子番号は陽子数で割り振られてます。
単体は電気的に中性だから、正電荷の陽子数と負電荷の電子数は同じ。