全く別物です。
めちゃくちゃざっくり説明すると、
撹乱
…台風とか山火事で森林がぐちゃぐちゃになること

二次遷移
…撹乱でぐちゃぐちゃになった後、撹乱前から土の中にあった堆肥や種子(これをシードバンクっていう)によって再び森林ができること。
一方、一次遷移は火山などでできた直後の島くらいにしか起こらないので、それ以外はだいたい二次遷移。