蘇我氏は天皇の権力を完全無視した政治をしていました。所謂『独裁者』です。
だから、中大兄皇子たちは、蘇我氏を排除したいと思った、だったと思います！

蘇我氏が中心になって色んな政治をやってしまうので、天皇のやりたいことが出来なくなってしまう......からです！