イントロンについては、まだまだわかっていないことが沢山あります。
長年、イントロンは無駄な領域とされていましたが、最近は、mRNAの移動や、遺伝子の発現の調節などにも関わっていると判明してきました。
また、真正細菌にもイントロンが存在することもわかってきています。

話を戻して、なぜ真核生物にイントロンがあるのかということですが、
選択的スプライシングによって遺伝の多様性を増やすために、イントロンが増えていった。
イントロンがあることによってエキソンの保護に役立っている。
などの理由で、進化の過程でイントロンを獲得？していった。とも考えられます。

憶測の話ですが、このような理由ではないのかなと思います。