nothing が主語で合ってます！

そのまま日本語にするのは難しいですが、

nothing は「ゼロ個のもの」みたいなニュアンス。

なので直訳すると

【】＝ 主語 [ ] ＝ 動詞

【 Nothing 】[ was found ] in their stomachs

【ゼロ個のものが】彼らの胃の中で［見つけられた］

これを分かりやすい日本語にすると、彼らの胃の中には何も無かった、みたいな意味になります。

ん、胃自体はあったけど、「胃の中には何もなかった」ですね。