タンパク質はアミノ酸が分子内や分子間で水素結合などの弱い相互作用を形成する事で成り立っています。これを2次構造や３次構造、４次構造などと言いますが、アルコールの持つヒドロキシ基が、タンパク質中の極性部分との間に水素結合を形成し、タンパク質の形状を変化させてしまうため、アルコールによりタンパク質の変性が起こります。
これを応用したのがアルコール除菌です。入試問題を解いていてこの内容に関する問題については、見たことがないです。