今更ですが…
上記の方々が言う通り、天候もあります。
もう1つは、高麗との対立もあったからです。

上の方々が言われているように、気候の影響っていう説もあります。このことについて、本で読んだことがあるんですが、その著者はモンゴル地域の乾燥した気候やその他征服した地域とは異なる、地面がぬかるみ粘土質になった土壌での戦いや日本の湿度の高い気候による食糧の腐敗などの影響もあったのではないかと推測していました。

元は大軍でしかも領土も広いです。世界史の中でも元は1番広い国です。なぜ負けたと言うと日本に攻めてくる時船に乗りますよね？その時神風という風が吹き、まぁ言わゆる嵐が来て体勢が崩れたんです。また元の戦う人は他の国、元に負けた国の人々の集まりでしたから士気があまりなかったんです！

元軍とは鎌倉時代の元寇ですか？
元寇は武器は最強でしたが日本に2回来ますが2回とも天候不順で統率が取れなくなり泣く泣く引き揚げて行きました