thatですよ。
動詞かmakeなので、make O C (OをCの状態にする)の形として考えましょう。
直訳すると
｢それがコミニケーションを難しくしているのですか｣
つまり
｢それによってコミニケーションが難しくなっているのですか｣
という訳になります。