例えば、I like summer better than winter.ならば、私が夏と冬とを比較して夏の方がいいと言っているわけですが、これはthanより前で私は夏がよりよい、そこにthan winter冬よりもといえのを付け加えていると考えられます。
質問の文だと、関係のあるthat説の文だけ考えると、Tomatos are better in summer than in any other seasons.です。これもthanの前までで、Tomatos are better in summer夏の間、トマトはよりよい、そのあとthan in any other seasons.他の季節中の間に比べたらと付け加えてるわけです。
別に、Tomatoes in summer is better than tomatoes in any other seasons.でもいいんですが、これだとトマトを二回言っているので、トマトはもうわかったって！ってなると思います。もちろん、onesとして扱うのもありだと思います。
ごめんなさい、日本語むちゃくちゃですが、ニュアンスでなんとなく...
比較級じゃなくして、Tomatoes are good in summerだと普通の文章で、逆にTomatoes are in summer goodとはいわないですよね。He is younger than mine.でも、He is young.という文章が比較としてyoungerになって、比較対象のthan mineがくっついてますし、I like summer than winter.でも、I like summer.という文章が比較になってるだけです。