ありますね。

まずはエーテルから
その昔(アリストテレスとかの時代)、地球には火土水風の4つの物質、宇宙は真空ではなくエーテルという物質で覆われていると信じられていました。

そして18世紀にエタノールから分子間脱水でジエチルエーテルが発見されたとき、揮発性が高いのですぐ蒸発してしまいました。
それを見た発見者は「この世にあるべきでない物質が、天に帰ろうとしている姿だ」と思い、この物質をエーテルと名付けました。

エステルはその後、酢酸エチルの合成に成功したときに、水に溶けない等性質が似ていたのからかEssigäther(Essig(酢)＋Äther(エーテル))→酢酸からできたエーテルとしてエステルと名付けました。

エステルは、
有機酸(カルボン酸等)や無機酸(オキソ酸)と、
アルコールやフェノール類が縮合脱水してできる物質
エーテルはRーOーR'(R,R'は炭化水素基)の構造を持つ物質の総称で、別物です。
余談ですが、エーテルはオランダ語、エステルは英語です