九州説の問題点
魏志倭人伝に載っている魏からプレゼントされた大量の銅鏡が見つかっていない。
卑弥呼の時代が弥生時代末期で古墳時代手前なので亡くなったとしたらかなり大きなお墓が作られたはずだが、九州に卑弥呼のものと思われるお墓(古墳)が見つかっていない。

近畿地方の問題点は学校の先生が挙げたものがちょっとわからないですが、おそらく魏志倭人伝に邪馬台国で鉄器を使っていた記述があるなら、鉄器を作る施設があったはずですが、現在弥生時代の施設で見つかっているものは九州にはありますが、近畿にないからかと思います。