マジックペンでなぞる必要はないですが、下書きが消えて困る線であれば4Hくらいの鉛筆で強く書いて紙を凹ませて跡をつけたり、一色塗ってから下書きを書いたりします。
稜線を目立たす為にマジックペンでなぞるのであれば、アクリルガッシュ塗った後に書くと良いと思います。