おもちさんの聞きたいことがこれで合ってるかは分からないんですが、とりあえず載せておきますね！

「in」は、場所を表す表現のときには「空間」や「内部」として捉えるときに使います。わかりやすくすると、敷地の中、建物のなかにいる(ある)、みたいな感じです。
「at」は、場所を表す表現のときには特定の「点(スポット)」として捉えたり、そこで行われる「活動」、「目的」に焦点を当てるときに使います。
実際に使うとすると、内部の様子、中に入っていることを強調したい時には「in」を、その場所を訪れている、と表現したい時には「at」を使うといいと思います！