承久の乱によって朝廷の権威と武力が決定的に失墜し、幕府が日本国内における唯一絶対の支配権を確立したことにあります。

恐れ多いという観念は残っていたかもしれませんが、それ以上に「謀反は許されない」という武家の論理と、圧倒的な武力・権力を背景とした幕府の支配体制が優先されたため、幕府は天皇の側近すら処断することが可能でした。朝廷には実質的な抵抗手段がなく、幕府の権力に従わざるを得なかった、というのが実情です。