ペプチド結合はアミノ酸同士を直接つなぐ強い共有結合（アミド結合）でタンパク質の「骨格」を形成し（一次構造）、水素結合はタンパク質が折りたたまれてできるαヘリックスやβシートなどの立体構造（二次構造）を作る弱い分子間力で、ペプチド結合内の酸素原子と水素原子の間で起こる相互作用。

つまり、ペプチド結合が鎖を作り、水素結合がその鎖を折りたたむ、という役割分担があります🙇