基本的にHow は「どのくらい？」て尋ねるときに使います！
長さとか時間、量など「どれくらい？」って使います！

How long + have / has + 主語+ been + ~?

が基本的なHow（long）を使った文です！
（例）
How long have you been here?
How long has it been raining?
などで使います！

Have / has は、「今までに〜した？」、「ずっと〜してる？」って聞くときに使います！

Have / has + 主語+ been+~?

が基本的な形で、現在完了の基本的な形です！
（例）
Have you been waiting?
Has been sick?
※この時、時間とか量を聞いていないから How long は使わないって考えます！

そして、最後の How have you been?
これは、形自体を覚えた方がいいと思います！

How have you been =元気だった？
「最近どうだった？」
「元気にしてた？」と使われます！
ずっとの”状態”を尋ねるときに使われます！

仕組みとしては
How + have you been？
「どう（元気）であり続けたの？」みたいな感じです！
How どれくらい　have you been 〜してた
となります！

みたいな感じです！
わからなかったらコメントください！
（例）もいくつか出したので、ぜひ訳してみてください！