精子の中片部(ミトコンドリアを含む部分)が受精時に卵内に入らないため、受精卵が母親のミトコンドリアしか受け継がないからです。
通常、卵子は精子の頭部だけを取り込み、精子の中片部(ミトコンドリアを含む部分)は卵の外に残されるか、分解されます。つまり、父親のミトコンドリアは受精卵に入らないのです。
したがって、精子の中片が卵内に入らないと仮定すると、受精卵は母親由来のミトコンドリアしか持たず、ウニのミトコンドリア遺伝子は【卵由来】(＝母性遺伝)である、ということになります。