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まずプライマーに関してですが、本実験がわからないため一般的なことを書きます。
プライマーはDNA複製で必要であり、特にDNAポリメラーゼがDNAを複製する時に必要となります。
自然界ではRNAプライマーが使われていますが、PCRではDNAプライマーが人工的に作られることにより使われています。
次に電気泳動に関してですが、そもそも電気泳動は電荷の違いによって物質を分ける方法です。
DNA はリン酸が負に帯電することで、DNA全体もマイナスにかたむいています。DNAを電気泳動装置の決まった場所に入れ電源をつけると、DNAはマイナスに帯びているので、プラスとマイナスが引きつけ合うことにより、プラスの方に移動していきます。これがDNAが移動する理由です。
そして位置の違いは大きさです。アガロースゲルはまるで網目が広がった構造をしています。障害物競走で出てくる網を想像していただくと分かりやすいでしょう。
大きい分子ほどアガロース内を動きづらくなるので移動速度は遅くなります。逆に小さい分子は動きやすいので移動速度は速くなります。
よって、小さい分子ほどDNAを入れた場所から遠いところにたどりつき、バンドとして見えていきます。
アレルラダーというのは、電気泳動をする際に大きさの目印になるものです。
例えばあるDNA断片を電気泳動したときに、もし基準がなければ、下の方にとまった分子は小さくて、すぐに上の方でとまった分子は大きいという相対的な評価しかすることができません。つまり、実際の大きさが分からないのです。
しかし、もしあらかじめ大きさが分かっているバンドが見えていれば、それを目印にして大きさを決めることができます。これがアレルラダーの役割です。マーカーとも言われます。
アレルラダーはさまざまな大きさをもっています。よって、具体的に大きさを決めることができるのです。
例えばアレルラダー500と700の間にDNA断片のバンドが見えた場合、それは500から700の間の大きさであるとわかるのです。
ちなみに大きさの単位は、kDaやkbp となります。
この実験です！アレルラダーの役割も詳しく教えてください🙏