be動詞の主な意味は、〜がいる、〜があるという意味で、doは、〜をするという意味です。
今回は『 エイミーはどこにいますか』であり、エイミーが何かをしている(do、does)でなく、エイミーがどこに"いる"のかを聞いてるので、be動詞のisになります。
Where does Amy〜？の文章は、『 エイミーは〜をどこでしていますか？』という訳し方になります。
何か分からないところがあれば言ってください！

be動詞は存在、を表すためisだけで疑問文が作れるからです