日米通商航海条約の日米通商航海条約及付属議定書(文系じゃないので、wikiから引用しましたが、あと以下小村条約とする)のことですね。
小村条約が締結された時代背景についてですが、1904年に日露戦争で日本が勝利しました。日米修好通商条約を結んだ頃は国際的社会から見ると日本はカスカスでした。そしてカモとして使えるじゃんというのもあって結ばれました。
しかし、日清戦争に勝ち、そして大国ロシアに勝ったあの日本はヤベェ(強い)な、と思った国際社会は日本に対する姿勢を変えました。結果、関税自主権が回復されました。