when SVがあるからlivedだ、と教えられちゃいましたか。
それは混乱するし納得もできないですよね。

過去完了とwhen SVは普通にセットで使われます。
よくある例文がこんな感じ。

The train had already left when we arrived at the station.　　　「私たちが駅に着いた時には既に電車は出発していた」

なので「when SVがあるから」という説明の方がおかしいんです。
では、なんでこの問題では過去完了にならないのか。
まず現在完了って「過去の動作が現在に影響してる」つまり「過去から現在まで」が焦点になりますよね。
そうすると過去完了は「過去から過去まで」のことが焦点になります。
よって例えば

She had already lived in Tokyo for ten years when I met her for the first time.　「私が初めて彼女に会ったとき、彼女は既に10年間東京に住んでいました」
つまり、初めて会った過去(時の一点)と、それより前の10年(過去の過去)が焦点になっています。
問題(3)はどうかというと、「子どもだったとき」というのが時間的に幅のある時間なのと、住んでいたのが１年間なので「住んでいたとき」＝「子どもだったとき」と考えられますから、過去完了を使う必要がないのです。

ちょっと複雑ですが、お分かりでしょうか？
こうした疑問を持つこと自体が本当に素晴らしいことですし、これこそが「知識の種」ですからがんばって下さいね～！