常温で液体か気体の違いとかだと思います。例えば金属とか不飽和脂肪酸の場合、沸点の温度が高いので融点を用いた方が分かりやすいと思います。
逆にアルカンのような常温で液体、沸点がそこまで高くないもの同士を比較する場合は沸点の方がわかりやすいですね。