まず look like とseemの違いについて、

look like 〜 : 〜のように見える、〜のようだ
（見た目的にそう思う）
seem 〜 : 〜のように思える、〜のようだ
（状況的にそう思う）
という主な違いがあります。

あとは文法的には
look like S+V または look like + 名詞
seem + 形容詞
という違いもあります。

そして、その英文の内容的に、
あの雲は海で泳ぐ魚のように見える（思える）
という文なので、これは見た目の話をしている（し、a fish という名詞が続いている）ので、look like の方を使います。