昔は朝廷が変えると言ったら変えられたのです。例えば安徳天皇在位の1181年は養和という元号ですが、飢饉が起こったりして非常に良くないことが起こりました。なので10ヶ月程度で寿永という元号に変わっています。当時は良くないことが起こると天の御気色が乱れているせいだと考え、それらを一新する為に元号を変えたんです。一世一元の制は上記の例のように、いくらでも変えられるのではなく、天皇1人につき一つの元号で統一しようとする為の制度です。
君主とは必ずしも天皇ではありません。例えば先ほどと同じく安徳天皇を例に出すと、安徳天皇なんかはとても幼い時に即位してますから、「僕元号変える！」なんてことはあり得ないわけです。即ち主君とは時の最高権力者と言えるわけです。