洪水は、大雨が降ったりして、川の水が周囲にあふれます。

高潮は、台風の接近などで海面が上昇して、海岸の堤防を越えたり川をさかのぼったりします。
台風が近づくと、強い風で海水が陸地の方に吹き寄せられたり、気圧が低くなったりすることで海面がいつもより高くなります。
それに大潮とか満潮とか言う通常の海水の変化と重なってしまうと、堤防を越えて海水があふれたように流れ込んできます。
また、川のそばの低い土地の所にも、水が流れ込みます。