If節は動詞の目的語と形式主語itを立てた場合の新主語としか使われません。　Whetherは主語目的語補語前置詞の目的語になります。
例→It is questionable if(whether)the story is true
(その話が本当かどうか疑わしい)→形式主語の場合
例→that depends on whether your parents agree with your plan
(それはあなたのご両親があなたの計画に賛成するかどうかで決まります)→前置詞の目的語の場合