大昔に植物と動物との区別すら無かった頃、ミトコンドリアの由来となる好気性細菌が、真核細胞の祖先に取り込まれました。つまり、生物の中に生物が入った、ということです。だから、二重膜になっており、別の生物だったため独自のDNAがあると説明できるというのが細胞内共生説です。
同じ高校生なりに説明してみました！