People in Japan だと日本人というより、「日本にいる人々」という意味合いが強いと思います。「日本にいる労働者」、「日本で暮らしている人々」という感じです。
in ○○だと、「そこにいる」といった風合いが強いと思います。

People of Japan の方が日本国民、日本人といった感じです。