ローマ字の表記方式の違いです。
ヘボン式、訓令式などで表記が違います。
shaはヘボン式、syaは訓令式です。
他にもいくつか方式がありますが、
日本の役所ではヘボン式以外だとはねられるので
ヘボン式を小学校などで習っていると思います。

ローマ字ですか？
それならないと思います。