「ＥＵや低賃金が関わるのは分かるのですが」と書かれているので、次のことは理解されているかもしれませんが、念のために。

スペインは古くから（＝東ヨーロッパが加盟する前から）ＥＵに加盟していた国の中で、物価が安いことが特徴です。
ということは、同じ仕事をしてもらっても安い賃金で働いてもらえるので、その分、安い工業製品を作ることができます。
しかも、ＥＵに加盟しているので、ほかの加盟国に輸出する場合、関税がかかりません。

そこで、ドイツやフランス、イタリア、あるいはアメリカ、日本の自動車会社は、スペインで生産して、ほかのＥＵ加盟国に輸出した方が、利益をあげることができます。
こういうことで、スペインの輸出品目で自動車が第１位なのに、スペインの自動車会社で有名なところがない、というのは、他の国の企業の工場が進出しているから、ということになります。

さらに質問の補足、「いや、そこじゃなくて…」というところがありましたら、お願いします。