新年を過ごす／迎えるためのバチカン市国の場所、というのであれば例えば以下のように書いてもいいのでは。(place or location)
A place in Vaican City to spend a new year.
A place in Vaican City to go into a new year.

Where とするからには、その前の文章に掛るようにしたいということでしょうか。
I'd like to go where spend enter a new year in Vatican City.