現実の実験でそうなってしまったのなら、要因は様々。測定が間違っている、試薬が分解等によって別の物質となっている、器具の汚れが影響、などなどなど。
想定した値がそもそも違うかも知れないし、詳しく条件等を聞かない限りは判断出来ないです。
実験とは別に、もし、共役塩基によるpHへの影響のことならまた聞いてくださいな。