後三年合戦で滅亡したのは清原氏です。
前九年合戦は、国司と争っていた陸奥の豪族安部氏を、源頼義・義家父子が出羽の豪族清原氏の助けを得て滅ぼした出来事です。その後、東北地方は清原氏が、出羽に加えて陸奥にも勢力を伸ばしました。しかし、清原氏に内紛が起きると、源義家はこれに介入します。これにより清原氏は倒され、義家が助けた藤原清衡が平泉を根拠として奥羽地方で勢力を拡大することになりました。
藤原清衡の父親は前九年合戦で安部氏に味方して戦死しています。しかし、母親が清原氏と再婚したので連れ子として最初は清原を名乗っていました。しかし、後三年合戦で清原が滅んだので、父親の姓を名乗り藤原清衡としたのです。