平城京は本格的な中国様式の都ですし、長安をまねたともいわれています。
おそらく柱が赤いのも真似たんでしょうね。
古くから、赤は魔よけの色と考えられていて、宮殿にも多く使われてきました。
また、赤色の原料である丹、水銀は木材の防腐剤としても使われていたようです。