「国司」は中央から派遣された貴族
「郡司」は地方の有力な豪族が任じられていた という違いがあります。
両方、飛鳥時代以降の律令制のもとで地方で活動した役人ですが、郡司は国司のもとに置かれているので国司の方が立場が上です。